У більшості випадків дисплазія виникає внаслідок проникнення в організм ВПЛ (вірусу папіломи людини). Заразитись ВПЛ можна маючи сексуальний контакт з людиною, зараженою вірусом. У більшості випадків протягом 2 років імунна система здатна сама позбавиться від вірусу. Відомо більше 100 штамів ВПЛ. Деякі з них, особливо ВПЛ 16 і 18 типів, частіше вражають жіночу репродуктивну систему, викликаючи CIN і рак шийки матки. Вважається, що більше 75% сексуально активних жінок інфікуються ВПЛ в певний момент часу. Близько 50% інфекцій ВПЛ зустрічаються у жінок у віці від 15 до 25 років. У більшості випадків вірус елімінується з організму самостійно, але якщо через певні причини він залишився в ньому — можуть виникнуть ускладнення, такі як дисплазія. Точно невідомо, чому у деяких жінок після інфікування ВПЛ розвивається ЦІН. Певну роль відіграють високоонкогенні типи ВПЛ. Інші фактори ризику включають в себе: